Det store problem hos Bunkermuseet er fugt, der opstår, når den varme luft udenfor rammer de kolde vægge nede i bunkerne og danner voldsom kondens, der drypper fra lofterne, og faktisk kan resultere i 1 til 2 cm blank vand på gulvene, der gør, at affugterne kører konstant i et forsøg på at holde fugten nede.