Hun bortføres af den mystiske kartelboss Manitas (Karla Sofía Gascón, der spiller karakteren både før og efter kønsskiftet, noget bedre i anden halvdel af filmen), der vil have hjælp til at få foretaget en kønsskifteoperation, for derefter under et nyt navn, Emilia Pérez, at kunne stikke af fra livet som narkogangster og få sin kone Jessi (Selena Gomez, virkelig ringe) og deres to børn i sikkerhed andetsteds.