Naviair blev i 2001 udskilt fra Statens Luftfartsvæsen (SLV) og etableret som selvstændig statsvirksomhed med virkning fra 1. januar 2001. Den 27. oktober 2010 blev Naviair omdannet til en selvstændig offentlig virksomhed.
Naviair sørger for at lede fly sikkert og uden forsinkelser gennem dansk luftrum.
Naviair beskæftiger over 600 medarbejdere og administrerende direktør er Carsten Fich.